Во время Великой Отечественной войны сооружения гидроузла были частично разрушены. После восстановления в 1946 году ГЭС-3 вновь была задействована и предназначалась для покрытия пиковых нагрузок энергосистемы «Калининградэнерго».
В 1976 году, в связи с полной выработкой основного ресурса, электротехническое и гидрогенераторное оборудование полностью демонтировано и с 1977 года сооружения ГЭС-3 были переданы на баланс Калининградского Управления «Рефтрансфлота».
В 1993 году решением Администрации Калининградской области гидротехнические сооружения Правдинской ГЭС-3 вновь были переданы на баланс АО «Янтарьэнерго» («Россети Янтарь»). Данный факт положил начало новому этапу истории гидроэлектростанции, вдохнувшему в неё новую жизнь.
В 1998 году энергетиками АО «Янтарьэнерго» был опробован, а в мае 1999 года введён в эксплуатацию новый гидроагрегат №1, установленной мощностью 1,14 МВт.
